Skip to contents

tidy for `Seurat`

Usage

tidy(object)

# S3 method for Seurat
tidy(object)

Arguments

object

A `Seurat` object.

Value

A `tidyseurat` object.

Examples

data(pbmc_small)
pbmc_small
#> # A Seurat-tibble abstraction: 80 × 15
#> # Features=230 | Cells=80 | Active assay=RNA | Assays=RNA
#>    .cell orig.ident nCount_RNA nFeature_RNA RNA_snn_res.0.8 letter.idents groups
#>    <chr> <fct>           <dbl>        <int> <fct>           <fct>         <chr> 
#>  1 ATGC… SeuratPro…         70           47 0               A             g2    
#>  2 CATG… SeuratPro…         85           52 0               A             g1    
#>  3 GAAC… SeuratPro…         87           50 1               B             g2    
#>  4 TGAC… SeuratPro…        127           56 0               A             g2    
#>  5 AGTC… SeuratPro…        173           53 0               A             g2    
#>  6 TCTG… SeuratPro…         70           48 0               A             g1    
#>  7 TGGT… SeuratPro…         64           36 0               A             g1    
#>  8 GCAG… SeuratPro…         72           45 0               A             g1    
#>  9 GATA… SeuratPro…         52           36 0               A             g1    
#> 10 AATG… SeuratPro…        100           41 0               A             g1    
#> # ℹ 70 more rows
#> # ℹ 8 more variables: RNA_snn_res.1 <fct>, PC_1 <dbl>, PC_2 <dbl>, PC_3 <dbl>,
#> #   PC_4 <dbl>, PC_5 <dbl>, tSNE_1 <dbl>, tSNE_2 <dbl>